Struktura proizlazi iz Konstitucije Velike Nacionalne Lože Hrvatske kao temeljnog Slobodnozidarskog dokumenta u Republici Hrvatskoj. Svi opći ili posebni Slobodnozidarski akti u Republici Hrvatskoj moraju biti u skladu s ovom Konstitucijom.

Velika Nacionalna Loža Hrvatske je nezavisna, nedjeljiva, autonomna, suverena  i vrhovna vlast na cijelom teritoriju Republike Hrvatske s obzirom na upravljanje stupnjevima Univerzalnog Masonstva, nabrojenih u nastavku: I. Stupanj – Šegrt, II. Stupanj – Kalfa i III. Stupanj – Majstor Zidar.

VNLH slijedi Drevni Prihvaćeni Škotski Obred u jedinstvenoj inicijacijskoj piramidi od I. – XXXIII. stupnja te ima razvijenu međunarodnu suradnju kroz članstva i povelje.

VNLH je savez Slobodnih Zidara koji teži duhovnom i moralnom oplemenjivanju čovjeka bez obzira na spol, rasu, vjeru, nacionalnost, društveni položaj, naobrazbu ili stranačku pripadnost. Njeguje humanizam i obvezuje svoje članstvo na opće prihvaćanje slobode Savjesti, Vjere i Duha.

Temelji Slobodnog Zidarstva su Sloboda, Jednakost, Bratstvo i Etika, čovjekoljublje bez predrasuda, istinoljublje i rad na samome sebi.

Temeljne obveze svakog Slobodnog Zidara jesu: šutnja, tajnost, rad i poslušnost Upravi Reda u skladu s Općim Pravilima. Slobodni Zidar mora poštovati zakone zemlje u kojoj živi i mora se zalagati za dobrobit svoje domovine. Slobodno Zidarstvo isključuje priklanjanje Saveza bilo kojim političkim ili vjerskim stavovima.

VNLH čine Lože koje djeluju pod njezinom zaštitom, a Radove otvaraju pod zaštitom Sv. Ivana Evangeliste, polaganjem Šestara i Kutnika na otvorenu Bibliju (Sveta knjiga) i u Slavu Velikog Arhitekta Svemira.

Ustrojstvo

Loža je osnovna, neovisna jezgra u kojoj se održavaju redoviti, ritualni Masonski Radovi. Sastavljena je od minimalno sedmero Braće i Sestara, od kojih su barem troje na stupnju Majstora. Loža je prepoznatljiva svojim jedinstvenim nazivom i brojem, te je kao takva priznata  kao Cijenjena Loža sa sjedištem u pripadajućem Orijentu.

Orijent je mjesto gdje ima sjedište barem jedna Cijenjena Loža.

Masonska Provincija – je teritorij na kome sjedište ima više Orijenata, koji ne moraju nužno teritorijalno odgovarati području zemljopisnih Provincija Republike Hrvatske.

Masonska  Regija predstavlja nekoliko Masonskih Provincija. Ona može ali ne mora nužno teritorijalno odgovarati području regija Republike Hrvatske.

Organizacija

Uz Inicijacijsku piramidu, koja ima simbolično značenje, Velika Nacionalna Loža Hrvatske ima organizacijsku strukturu koja koordinira odnose između Uprave Reda. Strukturu predstavljaju Suvereni Veliki Zapovjednik Velikog Majstora (S.V.Z.V.M.) i pojedine Loža koje se nalaze na teritoriju Obedijencije.
 
U organizaciji je Velika Uprava Reda koju čine Suvereni Veliki Zapovjednik Velikog Majstora (S.V.Z.V.M.), Zamjenik Suverenog Velikog Zapovjednika Velikog Majstora i Veliki Majstor Pomoćni; Magistralni Delegati koji predstavljaju Velikog Majstora u masonskim Regijama, a imenuju se na osnovi njegovog povjerenja; Veliki Inspektori Provincije – Koordinatori (s istom funkcijom u Provincijama); Časni Majstori koji predstavljaju Lože.
 
Unutarnja organizacija svake pojedine Lože usklađena je s Masonskom tradicijom, a djeluje u skladu s Općim pravilima Reda. Loža ima svoju autonomiju u okrilju Obedijencije, a predstavlja ju i koordinira Časni Majstor, koji se bira svake dvije godine i na najviše dva mandata za redom.
 
U skladu s Općim pravilima Reda Suvereni Veliki Zapovjednik Velikog Majstora (S.V.Z.V.M.) je Predsjednik svih Loža, a kontrolu njihovog djelovanja vrši pomoću imenovanih Velikih Majstora Pomoćnih, Delegata i Velikih Inspektora Provincija – Koordinatora.

Inicijacijska Piramida

Velika Nacionalna Loža Hrvatske ima svoje osobitosti koje doprinose definiranju posebne uloge u širokoj lepezi Masonskih Obedijencija diljem svijeta.

Velika Nacionalna Loža Hrvatske Obedijencija je muškaraca i žena, inicira i prepoznaje u istim Ložama Braću i Sestre, priznajući muškarcima i ženama jednako dostojanstvo u njihovoj različitosti i posebnosti, s istim potencijalom za Inicijaciju i djelovanje u Masonskim Radovima i osobnom razvoju.

Velika Nacionalna Loža Hrvatske posvećena je učenju i istraživanju granica ezoterije, pridonosi očuvanju važnog Masonskog zadatka nastavljanja i podržavanja filozofije koja je sinteza tisućljećima duge povijesti i civilizacije.

Velika Nacionalna Loža Hrvatske odabrala je prepoznati i prakticirati samo jedan ritual – Drevni Prihvaćeni Škotski Obred koji pruža put mudrosti i Inicijacije od I. – XXXIII. Stupnja.

Napredovanje kroz Stupnjeve:
33.˙. Suvereni Veliki Generalni Inspektor
32.˙. Uzvišeni Princ Kraljevske Tajne
31.˙. Veliki Inspektor Inkvizitor Zapovjednik
30.˙. Vitez Kadoscha
18.˙. Princ Ruže i Križa
14.˙. Veliki Izabrani Majstor Svetog Svoda
9.˙. Izabrani Vitez Devetorice
4.˙. Tajni Majstor
3.˙. Majstor
2.˙. Kalfa
1.˙. Šegrt

Piramida Inicijacije je forma koju Masonska organizacija posjeduje i Simbol je puta koji, u napredovanju prema Znanju Prirodnih Zakona, sva Braća i Sestre obavljaju metodom neprestanog rada, u skladu s Tradicijom, unutarnjom Mudrošću, Znanjem i ograničenjima Istine, imajući predodžbu Čovjekovog putovanja prema njegovoj potrebi za Beskonačnošću.

Masonstvo, općenito, ima svoje principe, običaje, rituale i pravila koji su izgubljeni u magli vremena. S uspostavom Spekulativnog Slobodnog Zidarstva prema svijetu (1717. godine) pojavili su se prvi pisani dokumenti koji su omogućili prepoznavanje puta kojeg su različite Masonske Obedijencije u svijetu ostvarile izrađujući vlastite organizacijske Statute, čime je sve više i njegov cilj postajao jasniji.

Slobodno Zidarstvo pretpostavlja Čovjekovu sposobnost istraživanja koristeći samo svoja vlastita sredstva u napretku prema znanju. Svi Slobodni Zidari u tom istraživanju istine već generacijama sudjeluju u različitim stupnjevima, ali  jednakim postupkom neprestanog rada.

Za postizanje najviših globalnih ciljeva Univerzalnog Masonstva (operativna svjedočanstva i spekulativna istraživanja) posebno je značajna pretpostavljena funkcionalna struktura naše Obedijencije – funkcionalno udruženje Velike Nacionalne Lože Hrvatske i Drevnog Prihvaćenog Škotskog Rituala.

Zapravo, Velika Nacionalna Loža Hrvatske je spojila u samo jednu Inicijacijsku Piramidu ciljeve koji se odnose osobito na Simboličke Stupnjeve -1° do 3° – kao i na Ritual (prema Drevnom Prihvaćenom Škotskom Obredu), stvarajući upotpunjeni ontološki inicijacijski model s izrazitom objektivnom važnošću.

U skladu s time, ovaj model rada sa svojom jedinstvenošću etike i pravila te prepoznavanjem žena koje imaju jednake odgovornosti poput muškaraca, nudi više od, primjerice, sociološko-epistemološkog ili evolucijsko-adaptivnog modela, sve karakteristike koje prepoznaju metaforu, prosvjetiteljski laboratorij i svijest o idealnom putu znanja koje bi Čovječanstvo trebalo preuzeti kako bi se razvijalo.

S jedne strane, njegov način djelovanja ovim ujedinjenjem etike i pravila te prepoznajući žene jednako odgovornim kao i muškarce, potvrđuje tisućljetnu tradiciju. S druge strane, nudi sve osobine biti prepoznat kao metafora laboratorija prosvjetljenja koji je i sam idealan put da Čovječanstvo samo prepozna korake koje treba poduzeti kako bi unaprijedilo svoju svijest.